东大校区
四牌楼校区位于六朝古都南京的中心玄武区四牌楼2号，校区东枕钟山,北临玄武湖,松桧荟翠,风景秀丽,占地641亩，已建有各类建筑61.85万平方米。现为研究生教育、本科生高年级教育、继续教育（除医学学科外）和科学技术研究基地。
九龙湖校区坐落在江宁开发区南部，苏源大道以东、双龙大道以西、东南大学路以北、吉印大道以南的范围内（约3700亩），一期建设工程已建成总建筑面积约56万平方米，形成了中西合璧、绿色开放的森林之城和活力之城。目前，学校大部分党政机关、机械、计算机等十个院系和15000名学生已入驻校区。
丁家桥校区位于鼓楼区丁家桥，占地176亩，已建各类建筑26万平方米。现为医学学科教育科研基地和东南 大学附属中大医院所在地。
无锡分校于1988年经原国家教委和电子工业部批准创办，以培养电子信息领域内的高层次人才为目标。2007年9月进入新校区办学，新校区位于无锡太湖国际科技园区内。
